# BSM

**Repository Path**: qihy0523/bsm

## Basic Information

- **Project Name**: BSM
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: BSD-3-Clause
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2023-11-06
- **Last Updated**: 2023-11-24

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Web document

## Normal rule

1. 每个 `Rmarkdown` 文件都以 01，02，03，11，等开头标记顺序。
2. 图片统一放在 public_image 目录下
3. 编译出的文档样式见 <https://www.bic.ac.cn/IMP/doc/> (源文件在 <https://gitee.com/ct5869/impdoc>)
4. Bookdown 写作语法简介 <https://mp.weixin.qq.com/s/u8WfC4xQ562Uekhs4WVBoQ?>

## 打开和构建

1. 在资源管理器中双击`*.Rproj`文件可以打开 `Rstudio` 并进行文档编辑。
2. 编辑好之后，点击 Build `-` gitbook，可编译为 html 文件。

![](public_image/Bookdown_build.png)

## 生成电脑的秘钥

1.  右键弹出如下菜单，点击`git bash here`

![](public_image/git_bash_here.jpg)

2. 运行 `ssh-keygen.exe` 一路回车

![](public_image/ssh_keygen_exe.jpg)

3.  继续运行拿到公钥

```
cat ~/.ssh/id_rsa.pub
ssh-rsa AAERAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABgQDIVRfSsAfqvx2WqNSH2XiAnE9UwdEwR0KzI5BUETUQLi2PcMyaX4XWn8HaIi7QpI6Jec25L9JCWD1GGAq6nC65SaKmvUaW6R49acPiIQxpnw5Ph2poRWE+Zg228GYLcES0xMHUL43BmA.......
```

4. 在 gitee 上添加公钥，标题随便起（也可以不填，会自动生成），公钥就是上面`~/.ssh/id_rsa.pub`的内容。

![](public_image/ssh_gitee_public_key.png)


## 克隆仓库

```
# 克隆仓库到本地，只需要执行一次
git clone git@gitee.com:chen-lab/pangenome.git pangenome
```

## 修改和提交

```
# 每次修改之前，都更新远程仓库信息到本地
git pull

# 本地修改文件

git add  修改的文件1  修改的文件2
git commit -m "修改的内容"

#  继续修改文件

git add  修改的文件1
git commit -m "修改的内容"

#  继续修改文件

git add  修改的文件3
git commit -m "修改的内容"

# 修改告一段落
# 推送本地修改到远程仓库
git push origin master

```

git 使用参考 <https://www.bootcss.com/p/git-guide/>