# generate Protenix json

**Repository Path**: biubiu19/generate-protenix-json

## Basic Information

- **Project Name**: generate Protenix json
- **Description**: 本工具用于生成 Protenix 模型所需的 JSON 输入文件。
- **Primary Language**: Python
- **License**: LGPL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2025-07-07
- **Last Updated**: 2025-07-07

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Protenix JSON 生成工具

## 概述
本工具用于从 `input.ini` 文件读取数据，并生成 Protenix 模型所需的 JSON 输入文件和一个随机种子。包含3个主要文件：

- `generate_protenix_json.py`：Python 脚本，负责读取 `input.ini` 文件并生成 JSON 输出。
- `input.ini`：配置文件，包含蛋白质链、DNA 序列和配体的相关信息。
- `seed.txt`：包含随机种子的文本文件

## 文件说明
### `generate_protenix_json.py`
此脚本包含多个函数，用于处理从 `input.ini` 文件读取的数据，并将其转换为 JSON 格式。主要功能函数包括：
- `create_protein_chain`：创建蛋白质链的 JSON 结构。
- `create_dna_sequence`：创建 DNA 序列的 JSON 结构。
- `create_ligand`：创建配体的 JSON 结构。
- `read_input_ini`：读取 `input.ini` 文件。
- `generate_protenix_json`：生成最终的 JSON 输出文件。

### `input.ini`
配置文件，包含多个以 `PROTEIN_` 开头的章节，每个章节包含蛋白质链、DNA 序列和配体的相关信息。每个部分包含序列、名称和数量等信息。

## 使用方法
1. 确保 `input.ini` 文件位于脚本所在目录，或者使用 `--input` 参数指定文件路径。
2. 运行脚本：
```bash
python generate_protenix_json.py --input input.ini --output output.json
```
3. 脚本将生成 `output.json` 文件，或者使用 `--output` 参数指定输出文件名。
4. 脚本将生成 `seed.txt` 文件。

## 示例
### `input.ini` 示例
```ini
[PROTEIN_7r6r]
protein_count = 1
protein_sequence_1 = MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSGKIQHKAVVPAPSRIPLTLSEIEDLRRKGFNQTEIAELYGVTRQAVSWHKKTYGGRLTTRQIVQQNWPWDTRKPHDKSKAFQRLRDHGEYMRVGSFRTMSEDKKKRLLSWWKMLRDNDLVLEFDPSIEPYEGMAGGGFRYVPRDISDDDLLIRVNEHTQLTAEGELLWSWPDDIEELLSEP
protein_count_1 = 1

dna_count = 2
dna_sequence_1 = TTTCGGTGGCTGTCAAGCGGG
dna_count_1 = 1
dna_sequence_2 = CCCGCTTGACAGCCACCGAAA
dna_count_2 = 1
```
### 运行命令示例
```bash
python generate_protenix_json.py --input input.ini --output output.json
```

运行后，将在脚本所在目录生成 `output.json` 文件和 `seed.txt` 文件。